ある日、冲縄の海に奇怪な生物が现れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で渔师を负伤させ、瞬く间に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が环境汚染の解决の为の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために结果としてニライカナイの灭亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危机を察知して石垣岛へ飞ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出现し、その尾の装饰リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保护した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遗跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ组んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遗跡であるピラミッドが海から出现した。だが、宝捜しをしている顷、石垣岛にダガーラが上陆し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召唤して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣岛から西表岛まで空中戦を繰り広げ、遗跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 无数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと试みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発见は急务となった。　　遗跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を选んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを袭撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状况とは一変し、今度はモスラが优位に立った。ダガーラが再び海中に潜った时、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに强力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その后、ピラミッドと共に消灭。モスラも海から出てきた后、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント岛に帰って行き、危机は去ったのであった。